中国农业科学院作物科学研讨所、四川农业大学、成都天成未来科技有限公司的研讨人员协作构建了小麦基因定位与基因组研讨渠道-,为高效克隆小麦功用基因供给了一个有用的数据使用、剖析和同享渠道。11月30日,相关研讨成果以WheatGmap: A Comprehensive Platform for Wheat Gene Mapping and Genomic Studies
集群别离剖析(BSA)作为一种在别离集体中判定方针基因的方法,因为其高效、低成本的长处被大范围的使用。但是,关于缺少生物信息学布景的研讨者来说,怎么深度剖析高通量测序取得的数据、正确挑选最优算法、有用使用已发布的海量数据成为当时使用BSA方法来进行小麦基因快速定位和候选基因挑选的限速过程。研制一个界面友爱、易操作的专业性数据处理渠道将对推进小麦研讨有重要使用含义。
该渠道现在整兼并剖析了超越3500份六倍体小麦的高通量测序数据,包含全基因组测序 (WGS),外显子组测序 (WES) 和转录组测序 (RNA-seq) 数据。为了便使用户使用这些资源,网站整合了SNP-index、 Euclidean distance (ED)、QTLseqr和varBScore四种BSA模型。此外,网站集成了序列比对、基因注释、表达剖析、富集剖析等序列剖析和基因功用研讨常用的东西。研讨人员以黄绿突变体ygl1基因的快速定位和克隆为例介绍了集体构建、数据在线剖析、候选基因挑选等流程。WheatGmap为小麦研讨者供给了一个界面友爱、易操作的小麦基因定位与基因组研讨渠道,该渠道整合了多种根据BSA定位的模型和很多的数据,能够在必定程度上协助科研工作者使用BSA方法来进行小麦基因定位、克隆与功用研讨,也能够同享测序数据及表型数据。一起,跟着泛基因组年代的降临,后续还会对渠道做数据更新与晋级,使其功用变得更强壮。
中国农科院作科所张立超副研讨员、董纯豪博士以及四川农业大学/成都天成未来科技有限公司陈中旭博士为该论文的一起榜首作者,四川农业大学王际睿研讨员、中国农科院作科所刘旭院士和孔秀英研讨员为该论文的一起通讯作者。该研讨得到国家重点研制方案、转基因严重专项、中国农科院科学技术创新工程和国家自然科学基金支撑。